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黄路生院士领衔在国际顶级学术期刊颁发严重科研功效

宣布者:gaoyun宣布时候:2021-02-18阅读次数:2470

217日,黄路生院士团队在《Nature Communications 》颁发严重科研功效,供给了今朝为止范围最为弘大的猪肠道微生物基因集和基于宏基因组组装的微生物基因组。黄路生院士及黉舍首席传授陈从英作为配合通信作者、2018级博士研讨生周云燕为配合第一作者、江西农业大学为独一通信作者单元,颁发题为Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome的研讨论文,该研讨经由过程操纵普遍来历的猪肠道菌群样本,经由过程深度宏基因组测序,构建了整合的猪肠道微生物基因目次(PIGC),此中包罗来自787个肠道元基因组的17,237,052个完全基因,它们以90%的卵白质统一性聚类, 此中28%是未知卵白质。 

黄路生院士团队操纵分箱阐发,构建了6339个基于宏基因组组装的微生物基因组(MAG),它们被堆积成2673个物种级别的基因组仓(SGB),此中跨越86%(2309)在以后数据库中不可用的基因组序列(未知SGBuSGB)。操纵构建的PIGCMAG,该研讨比拟了野猪和高度贸易化杜洛克猪肠道微生物组之间的差别。发明二者之间肠道菌群构成差别较着,为从肠道菌群角度阐发野猪抗逆性和贸易猪种高发展速率、高饲料操纵供给开端参考数据。同时,PIGCMAG为猪肠道微生物组相干研讨供给了扩大的资本。

家猪供给了人类食用的大局部肉,同时仍是生物医学研讨的植物模子。猪的胃肠道中稀有万亿细菌,它们在宿主的推陈出新、免疫乃至行动中起着相当主要的感化。在肠道菌群与猪主要经济性状的因果干系研讨中依靠于微生物基因组的可用正文信息。在今朝的数据库中,只要局部微生物的基因组及相干功效基因的正文信息。参考基因和高品质的微生物基因组是领会特定微生物的功效感化并量化其在肠道微生物组中的品貌的必不可少的资本。可是,约40–50%的肠道微生物缺少参考基因组。

与易受偏倚,敏理性低和肠道微生物组缺少功效性信息的16S rRNA基因测序比拟,宏基因组测序可用于揣度微生物群落的生物学功效,并已逐步用于基于宏基因组联系关系阐发发掘肠道微生物组与宿主表型之间联系关系的相干研讨中。但操纵今朝经常利用的组装方式停止宏基因组测序数据阐发时,能够会发生错配和嵌合堆叠群,并将较着的偏倚引入成果。是以,火急须要完全的微生物基因目次和参考基因组序列信息来研讨肠道微生物组。

在这项任务中,黄路生院士及黉舍首席传授陈从英率领团队经由过程对来自差别春秋、性别、种类、地舆地区、差别肠道部位和野猪来历的500个样本,停止深度宏基因组测序,并整合了现有的猪肠道菌群基因组,构建了一个今朝为止较为完全的猪肠道微生物基因目次和基于宏基因组组装的基因组。特别是野猪肠道菌群样品和空肠、回肠和盲肠内容物样品的操纵,加强了PIGCMAG的普遍代表性。

作为构建的猪肠道微生物基因集和MAG操纵的典范,该研讨还比拟了野猪和高度贸易化杜洛克两种代表了截然差别的豢养前提下猪肠道微生物组。PIGCMAG为猪肠道微生物组相干研讨供给了主要的资本。



报道:宣扬部  考核:肖石军